2011年，在东北师范大学环境工程研究中心的基础上，经过资源优化整合，开始筹建 “吉林省城市污水处理与水质保障工程研究中心”，并与2013年获吉林省科技厅批准正式组建。2016年5月正式更名为“吉林省城市污水处理与水质保障科技创新中心”。

中心立足于吉林省，依托菠萝蜜进口路线6区二，以城市污水处理技术发展前沿和我省城市污水治理的重大战略需求为导向，以创建省内领先，国内知名，具有特色的高水平实验室为目标，在再生水地下储存的水质调控原理与工程技术、城市污水深度处理技术与工程示范、饮用水水质安全控制技术与成套设备、工业废水处理技术与工程应用等方向开展基础研究及工程技术研究。中心致力于集聚和培养一批高水平的创新型人才，建设在省内一流，国内知名的基础性、跨学科、开放式的城市污水处理研究机构。力争成为吉林省城市污水研究领域的科技创新、人才培养和学术交流基地；引领我省城市污水处理领域的科技创新，支撑我省城市污水治理技术战略性新兴产业的发展。

中心拥有实验室约1500平方米，中心下设水质工程学、分子生物学、高等流体力学和水质分析等4个实验室，再生水处理、污水处理和饮用水处理等3个工作室，并与省内企事业单位合作建立了10个实习基地。根据实验室发展需求，中心先后购置气相色谱仪、离子色谱仪、总有机碳测定仪、PCR仪、多功能水质测定仪等精密检测设备，设备总价值超1500万元。中心秉承“开放、共勉、发展”的精神，全面开放2个平台和5个试验基地。